La historia del museo está estrechamente vinculada a la figura de Don Benigno de la Vega-Inclán y Flaquer, II marqués de la Vega-Inclán (1858-1942), uno de los mecenas más importantes de la primera mitad del siglo XX, que llegó a imponer en nuestro país la moda de la reconstrucción de los ambientes históricos en los que habían surgido las obras expuestas.

El museo es en la actualidad el único de España dedicado a al figura del pintor y tiene como finalidad transmitir y hacer compresible a la sociedad la figura del Greco, dando a conocer su obra y personalidad en Toledo.